Este o cavitate suborizontală, bietajată, care etalează aproape în exclusivitate forme morfologice care atestă o geneză în regim înecat, în condiţii de acvifer. Peştera adăposteşte cea mai mare acumulare de apă evidenţiată până în prezent în endocarstul românesc.
Nivelul inferior al peşterii are rol de prea-plin în prima treime a peşterii, dar devine permanent activ în cea de-a doua jumătate. Se termină cu un sifon situat în Galeria Styxului. Nivelul superior, fosil în principiu, dar care prezintă urme ce atestă o inundare, adesea totală la debite excepţionale, evoluează în medie cu cca. 15-20 m deasupra. În punctele de convergenţă ale celor două etaje apar spaţiile cele mai mari de pe parcursul peşterii, spaţii care sunt ocupate la bază de lacuri profunde, interconectate cu excepţia primului. Aceste lacuri din aval spre amonte sunt următoarele:

• Lacul din Sala de Intrare -temporar- atinge 65/38 m şi 14 m adâncime. La o valoare mai ridicată apele deversează prin Galeria de Fugă, formând o spectaculoasă cascadă în versantul drept al Cheilor Ordâncuşei
• Lacul Mare - 65/20 m, 10 m adâncime la debite normale
• Lacul Velenţa 25/10 m, 5 m adâncime la debite normale
• Lacul Lung 75/5 m, 5-2 m adâncime
• Lacul Styx - râu subteran la debite mici

La debite normale apele din Lacul Mare deversează prin Galeria Infernului Nămolos şi ajung până în capătul nord-estic al Sălii de Intrare unde se pierd în prăbuşirea din podea. La debite ridicate, dată fiind capacitatea de transfer scăzută prin prăbuşire, apele se acumulează formând lacul temporar. În cazul unor debite scăzute, apele se drenează din Lacul Mare direct spre P. Poarta lui Ioanele.
Existenţa unor stalagmite submerse sub nivelul mediu al lacurilor permanente, atestă formarea acumulărilor de apă în urma unei etape inactive, care a succedat perioada iniţială de modelare în regim înecat. POURCHET et.al. (1996) în urma studiului depunerilor silto-argiloase, depuse pe fundul Lacului Mare, au ajuns la concluzia că inundarea P. de sub Zgurăşti a avut loc foarte recent, mai precis de aproximativ 250 de ani.
Formarea lacurilor a fost determinată probabil de către anumite mişcări neotectonice (POURCHET et.al. 1996), sau eventual de prăbuşirea din Sala de Intrare, care ar fi obturat parţial galeria de drenaj dintre P. de sub Zgurăşti şi P. Poarta lui Ioanele. P. de sub Zgurăşti reprezintă partea inferioară a unui sistem hidrocarstic, care în prezent drenează infiltraţiile difuze insinuate din dolinele sectorului Munună - Hănăşeşti. Aspectul general al cavităţii este acela de fost sifon resurgent. Tipologic avem de-a face cu o "vater-table cave", bietajată, cu evoluţia condiţionată de coborârea nivelului piezometric.
În evoluţia cavernamentului se pot distinge următoarele etape:

• Formarea peşterii în cadrul unui acvifer epifreatic, condiţionat tectonic de către fracturile paralele cu Falia Ordâncuşa şi Falia Munună - Hănăşeşti. Având în vedere morfologia cavităţii considerăm că debitul iniţial al acviferulului a fost mult mai ridicat decât cel actual. Prezenţa unor galeţi cuarţitici rulaţi în anumite sectoare sugerează existenţa a cel puţin unei pierderi organizate, situată la nivelul Dealului Ocoale sau undeva în bazinul median al Văii Ordâncuşa.
• Trecerea la un regim aerat de curgere, cu posibile etape fosile. Este conturat nivelul inferior şi activat punctului de resurgenţă din P. Poarta lui Ioanele.
• Obturarea drenului dintre Lacul Mare şi P. Poarta lui Ioanele. Se formează sistemul actual de lacuri.

Rezumat după P. Damm, V. Lascu, C. Ciubotărescu (1999).